中医学中的“肾”，是以解剖实体的肾脏为结构基础的功能单位。肾有封藏之性，肾为水火之宅。肾主藏精的功能是肾脏进行一切生理活动的基础，肾精所化之肾气、肾精、肾阴、肾阳，对人体的生长发育生殖，脏腑气化，水液代谢，以及呼吸功能等，均发挥着重要的推动和调节作用，故称其为“先天之本”“五脏阴阳之根本”。其与齿、骨、发、髓、唾、膀胱、耳及二阴、三焦、命门、女子胞、精室，以及情志之惊恐等共同构成了肾系统，在临床辨治相关病症和养生保健中具有重要意义。
（一）肾在体合骨，其华在发
所谓肾在体合骨，又称肾主骨，是指肾精具有促进骨骼的生长发育和修复的功能。肾精旺盛，骨髓充盈，骨有所养，则骨骼健壮坚实，肢体强劲有力。若肾精不足，骨髓空虚，骨失所养，则会出现小儿骨骼发育障碍，成年人骨骼软弱无力和老年人骨质疏松易折。而此类病症皆可根据中医学肾主骨的理论，施以补肾药物治疗。
“齿为骨之余”，是指牙齿为外露的骨骼。牙齿是人体最坚硬的器官，具有磨碎食物和辅助发音的功能。齿与骨同出一源，均赖肾精充养而生长发育，所以牙齿的生长和脱落与肾中精气的盛衰密切相关。肾中精气充盛则齿有所养，表现为牙齿坚固整齐。肾中精气不足则齿失所养，表现为小儿牙齿生长迟缓或稀疏畸形，青壮年牙齿易于松动或早落等。
头发有赖于血液的营养，故称“发为血之余。”由于头发的生机又根源于肾，而肾精能化血，精血旺盛，则头发得养。所谓肾其华在发是指肾中精气的盛衰可显露于头发，即发为肾之外候。肾精充足，精血充盈，发有所养，在幼年期可见头发生长旺盛；青壮年期可见头发茂密乌黑而光泽；老年人肾精渐亏，精血渐衰，则可见头发花白，或失去光泽。肾精不足，精血亏虚，则发失所养，小儿可出现头发生长迟缓，或稀疏枯黄；成人可见头发干枯无华，或头发早白，或头发秃顶脱落。对于上述病症，每多从肾论治。
（二）肾开窍于耳及二阴
耳是听觉器官，为人体五官之一。人的听觉属脑的功能，脑为髓之海，髓又由肾精所化生，故耳的听觉与肾精密切相关。肾中精气旺盛，髓海充盈，耳有所养则听觉灵敏。肾中精气亏损，髓海失充，耳失所养则听力减退，或见耳鸣耳聋。除肾脏外，耳与其他脏也有联系，如少阳经循行于耳，对于耳窍的某些实性病症，则多责之于肝胆。心寄窍于耳，如心血不足，心神不安以及肝血不足，肝风内动等，均可见耳鸣等病症。
二阴，即前阴和后阴。前阴是指男女外生殖器和尿道口的总称，是人体排尿、男子排精和女子排出月经及分娩胎儿的器官，为人体九窍之一。后阴，即肛门，又称魄门、谷道，是排出粪便的器官，亦为人体的九窍之一。粪便的排泄虽是大肠传导的功能，但与肾中阴阳关系密切。肾中精气充盛，则大肠悉得肾阳温煦、推动和肾阴滋润、濡养，表现为大肠排泄粪便正常。肾中精气不足，若肾阳虚衰，温煦无权，肠寒气滞，传导不利，表现为排便艰涩，即为冷秘；若肾气不固，封藏无力，表现为久泄滑脱或五更泄泻；若肾阴不足，肠失滋润，传导不利，表现为大便秘结。
（三）肾在液为唾
唾为五液之一，与涎同为口津，是唾液中质地较稠厚者。肾的经脉上挟舌根通舌下，唾为肾精所化，故肾在液为唾。唾具有溶润食物，以利吞咽和滋润口腔的作用。肾精充足则唾液分泌正常，表现为口腔润泽，吞咽流利。肾精不足，则唾少咽干；肾虚水泛，则多唾清冷。反之多唾或久唾，会耗损肾精。所以气功家们常以舌抵上腭，待唾液溢满口腔后，缓缓咽之以养肾精，强体防病，并将此法称为“饮玉浆”。
（四）肾在志为恐
恐，即恐惧、害怕的情志活动。所谓肾在志为恐是指恐的情志活动与肾精关系密切。肾精充足，人体在接受外界相应刺激时，能产生相应的心理调节。肾精不足，稍受刺激，则表现为恐惧不宁、手足无措，或两腿无力而软瘫等。反之过恐伤肾，可导致遗精、滑胎或二便失禁等肾气不固的病症。
（五）命门
命门，即生命之门，涵有生命的关键、根本的意思。命门一词，首见于《内经》，如《灵枢·根结》中说“命门者，目也。”这是从诊断学的角度，强调察神望目重要性的情况下提出的。自《难经》提出“左肾右命门”后，命门就成了腑腑学说的内容之一，遂为后世医家所重视，并进行了深入的研究和阐述，形成了命门学说。命门的功能主要有以下几点：
1．命门为原气所系，是人体生命活动的原动力
《难经·八难》中说：“诸十二经脉者，皆系于生气之原。所谓生气之原者，谓十二经之根本也，谓肾间动气也。此为五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源。一名守邪之神。故气者，人之根本也。”
2．命门藏精舍神，与生殖机能密切相关
《难经·三十九难》中言：“命门者，精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞。”说明命门是藏精舍神之处，男子以此贮藏精气，女子以此联系子宫，实属肾主生殖的功能。
3．命门为水火之宅，内涵肾阴肾阳的功能
明·张介宾在《景岳全书》中谓：“命门为元气之根，为水火之宅。五脏之阴气，非此不能滋；五脏之阳气，非此不能发。”认为命门的功能包括了肾阴、肾阳两方面的作用。
4．命门内寓真火，为人身阳气的根本
陈士铎在《石室秘录》中指出命门真火是各脏腑功能活动的根本。纵观历代医家对命门的认识，各自立论不同，争论颇多，如有形与无形之别，右肾与两肾间之争，主火与非火之异，但对命门的主要功能与肾息息相通的观点，历来还是趋于一致的。目前一般公认的观点是：
命门之火相当于肾阳，命门之水相当于肾阴。肾阴和肾阳是人体阴阳的根本，又称真阴和真阳、元阴和元阳、真水和真火。历代医家之所以重视命门，无非是为了强调肾中阴阳在人体生命活动的的重要性。
（六）膀胱
膀胱，俗称“尿脬”，又称净腑、尿胞，位居小腹，为囊性器官，上有输尿管与肾相通，下与尿道相连，开口于前阴。其大小、形状随尿液的充盈程度有所改变。膀胱通过经脉的络属与肾构成表里关系，其五行属性为水，阴阳属性为阳。
膀胱的主要功能是贮尿、排尿。尿液为津液所化，即津液之浊在肾的气化作用下生成尿液，下输膀胱，尿液在膀胱内贮留到一定容量时即从尿道排出体外。此即“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。”膀胱的贮尿、排尿功能主要依赖肾的气化和固摄功能的控制。贮藏尿液赖肾气的固摄；排泄尿液赖肾阳的气化以及推动。
肾气旺盛，固摄有权，气化正常，推动有力，则膀胱开合有度，表现为贮尿、排尿正常。若肾气不固，则膀胱不约，可见遗尿、尿频，或尿失禁，或小便余沥不禁等病症；若气化失司，推动无力，则膀胱不利，可见尿少、水肿，或尿闭等病症。因此多从肾治疗膀胱的病变。
（七）三焦
三焦是上焦、中焦、下焦的合称。历代医家对三焦的形态和实质的认识不一，主要有二：
有人认为三焦为六腑之一，和其他脏腑一样，是一个具有综合功能的器官，分布于胸腹腔，因其与五脏无表里配合关系，故有“孤府”之称；
也有人认为三焦为划分内脏的区域部位，即膈以上为上焦，膈至脐为中焦，脐以下为下焦。三焦的经脉与心包的经脉为表里关系。
1．三焦的主要功能
（1）通行元气
三焦有主持诸气，总司全身气机和气化的功能。元气是人体生命活动的原动力，根源于肾，由肾藏的先天之精所化生，其通过三焦布达五脏六腑，运行于全身，从而激发和推动各脏腑组织的功能活动。
（2）运行水液
“三焦者，决渎之官，水道出焉”指出三焦是一个运行水液的器官。人体的水液代谢虽由多个脏腑共同协调完成，但必须以三焦为通道，以三焦通行元气为动力，才能正常地升降出入。水液代谢的协调平衡，通过三焦的气化作用实现。若三焦气化功能障碍，水道不利，就会出现尿少、水肿、小便不利等病症。
2．上、中、下三焦的部位划分以及功能特点
（1）上焦如雾
上焦是指头面至横膈之间，主要包括心肺及头面部。根据《灵枢·决气》篇的论述，上焦以“开发”、“宣化”和“若雾露之溉”为其功能特征。治疗上焦病证，用药量宜轻，药性须轻清上浮，使药力直达病所。
（2）中焦如沤
中焦是指横膈至脐之间，主要包括脾胃和肝胆。具有消化水谷，吸收和输布水谷精微及化生气血的功能。“中焦如沤”形象地概括了中焦脾胃腐熟消化水谷，化生转输水谷精微的作用。若邪犯中焦，常见脘腹胀痛、呕吐、泄泻等症。治疗中焦病证，用药须着眼于调理脾胃气机升降的平衡。
（3）下焦如渎
下焦是指脐以下至耻骨之间，主要包括小肠、大肠、肾和膀胱等。其主要功能是排泄糟粕和尿液，“下焦如渎”指出下焦的肾、膀胱、小肠和大肠像沟渠排水一样排泄二便。若邪犯下焦，常见二便异常的病症。治疗下焦病证，要用质地沉重下行的药物才能到达下焦病所而起到治疗作用。
（八）女子胞
女子胞，又称胞宫、胞脏、子宫、子脏，位居小腹部，在膀胱后，直肠之前，下口与阴道相连，是女性的生殖器官。1．女子胞的主要功能
女子胞具有主持月经和孕育胎儿的功能。
（1）主持月经
女子胞为女子月经发生的器官。生殖期妇女在多种因素的共同作用下，子宫会发生周期性变化，约一个月左右发生周期性出血一次，称作“月经”、“月事”、“月信”、“经水”等。中医学认为当女子到了14岁左右，肾中精气旺盛，产生了天癸，子宫等生殖器官发育日渐成熟，冲、任二脉气血通盛，月经则按时来潮，并具备了生殖能力。这种生理状态一直持续到更年期。此后肾气渐衰，天癸竭绝，冲、任二脉气血衰少，则出现月经紊乱，直至绝经。
（2）孕育胎儿
女子在其受孕后，女子胞即成为孕育胎儿的场所。此时月经停止，大量气血输送到胞宫以养育胎儿，促进胎儿发育直至分娩。
2．女子胞与脏腑经络的关系
女子的月经来潮及孕育胎儿，是一个由多因素参与的复杂生理过程，主要与下列脏腑经络有关：
（1）肾中精气的作用
女子生殖器官及生殖机能的维持，全赖肾中精气的作用。青春期女子，在天癸的作用下生殖器官日渐发育成熟而有月经来潮，从而具备生殖能力；老年妇女肾中精气不充，天癸随之衰少，直至衰竭，从而由更年期进入绝经期，生殖机能随之丧失。可见肾中精气的盛衰直接影响天癸的产生与衰竭，对生殖器官的发育和生殖机能具有决定性作用。肾中精气不足导致生殖器官发育异常而患不孕症时，当用填补肾中精气的治法。由肾中精气虚衰而引起的月经紊乱，可用填补肾精的方法治疗。
（2）冲、任二脉的作用
冲脉和任脉，同起于胞中。冲脉与足少阴肾经并行又与足阳明胃经相通，能调节十二经气血，与月经来潮相关，故言“冲为血海”；任脉与足三阴经相会，调节全身阴经，为“阴脉之海”，主胎儿的孕育，故言“任主胞胎”。冲、任气血旺盛，注入胞宫而发生月经。冲、任二脉气血衰少，则可出现月经不调或绝经，影响生殖机能，所以常把女性生殖功能障碍诊为“冲任不调”，并通过调理冲、任以治疗。
（3）心肝脾三脏的作用
女子胞的功能还与心、肝、脾的关系密切。由于月经的来潮，胎儿的孕育，均依赖于血液，而心主血，肝藏血，脾生血统血，故当心、肝、脾功能失调时，均可引起子宫的机能异常，出现相应的病理变化。肝失疏泄，气机不利，可出现月经不调，痛经等症；若肝血亏虚或脾虚气血生化乏源，胞宫失养，可出现经少、经闭、不孕等病症；若脾不统血或肝不藏血，可引起月经过多或崩漏等病症。因此治疗妇科经孕异常的病症，当分别从心、肝、脾等脏辨治。
（九）精室
精室，又称精宫，是男性独有的生殖器官。精室的主要功能是贮藏精液，生育繁衍。《医经精义》说：“女子之胞，男子名为精室，乃血气交会，化精成胎之所。”精室包括解剖学所说的睾丸、附睾、精囊腺和前列腺等。精室的功能属肾所主，与督脉相关。肾精充足，肾气旺盛，督脉通盛，则精室功能调和，表现为生殖机能正常。肾精亏虚，肾气不足，督脉虚损，则精室功能失常，表现为遗精、早泄、不育等病症。